Identifikasi Spesies Isolat Bakteri K2Br5 dari Tanah Karst dengan Sistem Kekerabatan Melalui Analisis Urutan Nukleotida Gen 16S rRNA

Tina Dewi Rosahdi, Nurul Tafiani, Anggita Rahmi Hafsari

Abstract


Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Setiap bakteri memiliki jenis yang berbeda-beda. Perlu adanya identifikasi untuk mengetahui suatu jenis bakteri sehingga dapat dimanfaatkan secara maksimal. Identifikasi bakteri dapat dilakukan secara fenotip maupun genotip. Namun, identifikasi secara fenotip memiliki kelemahan yakni sering terjadi kesalahan dalam membedakan spesies dan galur bakteri. Tujuan dari penelitian yang dilakukan adalah untuk menentukan spesies bakteri dengan kode K2Br5 yang telah diisolasi dari kawasan tanah Karst. Pada penelitian ini dilakukan analisis secara genotip dengan mengisolasi DNA kromosom dari bakteri Bacillus sp. K2Br5 yang kemudian dilakukan proses amplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer universal BactF1 maju dan UniB1 mundur untuk memperoleh fragmen gen 16s rRNA. Fragmen gen yang diperoleh selanjutnya disekuensing untuk mengetahui urutan nukleotide. Hasil analisis urutan nukleotida gen 16s rRNA menunjukkan bahwa bakteri Bacillus sp. K2Br5 memiliki kemungkinan berkerabat dengan Paraclostridium bifermentans atau dikenal juga dengan nama Bacillus bifermentas.


Keywords


Biokimia

Full Text:

PDF

References


JM Berg, JL Tymoczko, and L Stryer, Molecular Cell Biology.: WH Freeman, 2002.

J Pelezar and E.C.S Chan, Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta: Universitas Indonesia Press, 2008.

D Suryanto, "Mengenal Lintasan aerobik degradasi senyawa hidrokarbon aromatik monosiklik mikroorganisme," Wartauniversitaria, no. 18, pp. 92-94, 2004.

G.I Barrow and Feltham R.K.A, Cowan and Steel's Manual for The Identification of Medical Bacteria. Cambridge: University Press, 1993.

Seftia Maulani, "Isolasi dan Identifikasi Bakteri pada Tanah Rhizosfer di Kawasan Karst Citatah Kabupaten Bandung Barat Serta Aplikasinya pada Perkecambahan Tanaman Cabai Merah (Capsicum annum L.)," Bandung, 2015.

Nurhayati, Betty Sri Laksmi Jenie, Harsi D Kusumaningrum, and Sri Widowati, "Identifikasi Fenotipik dan Genotipik Bakteri Asam Laktat asal Fermentasi Spontan Pisang var. Agung Semeru (Musa paradisiaca formatypica)," 2011.

Thoyibatun Nuroniyah and Surya Rosa Putra, "Identifikasi spesies isolat bakteri S1 dengan metode analisa sekuen fragmen gen 16s rDNA," Jurnal Teknik POMITS, vol. 1, pp. 1-6, 2012.

G Acinas Silvia, A Marcelino Luisa, F Polz Martin, and Klepac-ceraj Vanja, "Divergence and Redundancy of 16S rRNA Sequences in Genomes with Multiple rrn Operons," 2004.

Oren A, Prokaryote diversity and taxonomy: current status and future challenges.: Philosophical Transactions of the Royal Society, 2004.

J Hodgkin, "Genome Size," in Encyclopedia of Genetics., 2001, p. 865.

JE Clarridge, Impact of 16S rRNA Gene Sequence Analysis for Identification of Bacteria on Clinical Microbiology and Infectious Diseases.: Clin. Microbiol. Rev., 2004.

Qureshi et al., "The Cry Toxin Operon of Clostridium bifermentans subsp. malaysia Is Highly Toxic to Aedes Larval Mosquitoes," Applied and Environmental Microbiology, 2014.

RF Wang, WW Cao , and CE.Cerniglia , "PCR Detection and Quantification of Predominant Anaerobic Bacteria in Human and Animal Fecal Samples," J. Appl. & Envi. Microbiol, pp. 1242-1247, 1996.

L.D.S Smith, The Phatogenic Anaerobic Bacteria. USA: Thomas Publisher, 1975.




DOI: https://doi.org/10.15575/ak.v5i2.3836

MorarefCrossrefIPI logo

StatCounter - Free Web Tracker and Counter

View My Stats


Creative Commons License

al kimiya by http://journal.uinsgd.ac.id/index.php/ak is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.