Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico

Siti Rohimah, Luluk Mukarramah, Vita Sindiya, Veren Yuliana, S., Gita Ayu, K., Mukhamad Su’udi

Abstract


Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI.  


Keywords


Thrixspermum; ITS; pohon filogenetik

References


Chen, W. H., & Shui, Y. M. (2005). A New Spesies of Thrixspermum (Orchidaceae) from China. Brittonia, 57.

Destri, Fudola A., Harto. & Kusnadi. (2015). Survei Keanekaragaman Anggrek (Orc-hidaceae) di Kabupaten Bangka Tengah dan Belitung, Provinsi Kepulauan Bang-ka Belitung. PROS SEMNAS MASY BIODIV INDON, 1 (3), 509-514.

Hajibabaei, M., Singer, G. A. C., Hebert1, P. D.N. & Hickey, D. A. (2007). DNA Barcoding: How it Complements Taxonomy, Molecular Phylogenetics and Population Genetics. Trends in Genetics, 23 (4).

Harsono, T., Pasaribu, N., Sobir., Fitmawati., & Prasetya, E. (2015). Variasi Intraspe-sifik Berdasarkan DNA Kloroplas (CPDNA) Pada Bouea macrophylla Griffit. Prosiding Seminar Na-sional Biodiversitas dan Ekologi Tropi-ka Indonesia.

Hidayat, T. & Pancoro, A. (2008). Kajian Filogenetik Molekuler dan Peranannya dalam Menyediakan Informasi Dasar un-tuk Meningkatkan Kualitas Sumber Ge-netik Anggrek. Jurnal Agro Biogen. 4 (1), 35-40.

Hidayat, T., Kusumawaty, D., Kusdianti., Yati, D. D., Muchtar, A. A. & Mariana, D. (2008). Analisis Filogenetik Moleku-ler pada Phyllanthus niruri L. (Eu-phorbiaceae) Menggunakan Urutan Basa DNA Daerah Internal Transcribed Spaces (ITS). Jurnal Matematika dan Sains,13 (1), 16-21.

Irawan, P. D., Tallei, T. E. & Kolondam, B. J. (2016). Analisis Sekuen dan Filoge-netik Beberapa Tumbuhan Syzygium (Myrtaceae) di Sulawesi Utara berdasar-kan Gen matK. Jurnal Ilmiah Sains, 16 (2), 43-50.

Kartikaningrum, S., Pramanik, D., Dewanti, M., Soehendi, R. & Yufdy, M.P. (2017). Konservasi Anggrek Spesies Alam Menggunakan Eksplan Biji pada Media Vacin & Went. Buletin Plasma Nutfah, 23 (2), 109-118.

Nurfadilah, S. (2015). Diversity of Epiphytic Orchids and Host Trees (Phorophytes) in Secondary Forest of Coban Trisula, Ma-lang Regency, East Java, Indonesia. Bio-tropia, 22 (2), 120-128.

O’Byrne, P. (2016). Trixspermum in Borneo; 24 New and Old Spesies. Malesian Orc-hid Journal, 18, 5-74.

Ochieng, J. W., Murigai, A. W. T. & Ude, G. N. (2007). Review: Phylogenetics in Plant Biotechnology: Principles, Obstacles, and Opportunities for Resource Poor. African Journal of Biotechnology, 6 (6), 639-649.

Suparman. (2012). Markah Molekuler Dalam Identifikasi Dan Analisis Kekerabatan Tumbuhan Serta Implikasinya Bagi Mata Kuliah Genetika (Telaah Keilmuan Genetika Molekuler Tumbuhan), Jurnal Bioedukasi 1 (1), 59-68.

Song, X. Q., Meng, Q. W., Wing, Y. T. & Luo, Y. B. (2009). Thrixspermum odora-tum (Orchidaceae), a New Species from Hainan Island, China. Ann. Bot. Fennici, 46, 595-598.

Teoh, E. S. (2016). Medicinal Orchids of Asia. Switzerland. Springer International Publishing.

Wulanesa, W. O. S., Soegianto, A. & Basuki, N. (2017). Eksplorasi dan Karakterisasi Anggrek Epifit di Hutan Coban Trisula Kawasan Taman Nasional Bromo Teng-ger Semeru. Jurnal Produksi Tanaman, 5 (1), 125-131.




DOI: https://doi.org/10.15575/biodjati.v3i2.3409

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Indexing By :

          

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

 

View My Stats