Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico

Authors

  • Siti Rohimah Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember, Indonesia
  • Luluk Mukarramah Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember, Indonesia
  • Vita Sindiya Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember, Indonesia
  • Veren Yuliana, S. Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember, Indonesia
  • Gita Ayu, K. Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember, Indonesia
  • Mukhamad Su’udi

DOI:

https://doi.org/10.15575/biodjati.v3i2.3409

Keywords:

Thrixspermum, ITS, pohon filogenetik

Abstract

Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI.  

Author Biography

Mukhamad Su’udi

Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember

References

Chen, W. H., & Shui, Y. M. (2005). A New Spesies of Thrixspermum (Orchidaceae) from China. Brittonia, 57.

Destri, Fudola A., Harto. & Kusnadi. (2015). Survei Keanekaragaman Anggrek (Orc-hidaceae) di Kabupaten Bangka Tengah dan Belitung, Provinsi Kepulauan Bang-ka Belitung. PROS SEMNAS MASY BIODIV INDON, 1 (3), 509-514.

Hajibabaei, M., Singer, G. A. C., Hebert1, P. D.N. & Hickey, D. A. (2007). DNA Barcoding: How it Complements Taxonomy, Molecular Phylogenetics and Population Genetics. Trends in Genetics, 23 (4).

Harsono, T., Pasaribu, N., Sobir., Fitmawati., & Prasetya, E. (2015). Variasi Intraspe-sifik Berdasarkan DNA Kloroplas (CPDNA) Pada Bouea macrophylla Griffit. Prosiding Seminar Na-sional Biodiversitas dan Ekologi Tropi-ka Indonesia.

Hidayat, T. & Pancoro, A. (2008). Kajian Filogenetik Molekuler dan Peranannya dalam Menyediakan Informasi Dasar un-tuk Meningkatkan Kualitas Sumber Ge-netik Anggrek. Jurnal Agro Biogen. 4 (1), 35-40.

Hidayat, T., Kusumawaty, D., Kusdianti., Yati, D. D., Muchtar, A. A. & Mariana, D. (2008). Analisis Filogenetik Moleku-ler pada Phyllanthus niruri L. (Eu-phorbiaceae) Menggunakan Urutan Basa DNA Daerah Internal Transcribed Spaces (ITS). Jurnal Matematika dan Sains,13 (1), 16-21.

Irawan, P. D., Tallei, T. E. & Kolondam, B. J. (2016). Analisis Sekuen dan Filoge-netik Beberapa Tumbuhan Syzygium (Myrtaceae) di Sulawesi Utara berdasar-kan Gen matK. Jurnal Ilmiah Sains, 16 (2), 43-50.

Kartikaningrum, S., Pramanik, D., Dewanti, M., Soehendi, R. & Yufdy, M.P. (2017). Konservasi Anggrek Spesies Alam Menggunakan Eksplan Biji pada Media Vacin & Went. Buletin Plasma Nutfah, 23 (2), 109-118.

Nurfadilah, S. (2015). Diversity of Epiphytic Orchids and Host Trees (Phorophytes) in Secondary Forest of Coban Trisula, Ma-lang Regency, East Java, Indonesia. Bio-tropia, 22 (2), 120-128.

O’Byrne, P. (2016). Trixspermum in Borneo; 24 New and Old Spesies. Malesian Orc-hid Journal, 18, 5-74.

Ochieng, J. W., Murigai, A. W. T. & Ude, G. N. (2007). Review: Phylogenetics in Plant Biotechnology: Principles, Obstacles, and Opportunities for Resource Poor. African Journal of Biotechnology, 6 (6), 639-649.

Suparman. (2012). Markah Molekuler Dalam Identifikasi Dan Analisis Kekerabatan Tumbuhan Serta Implikasinya Bagi Mata Kuliah Genetika (Telaah Keilmuan Genetika Molekuler Tumbuhan), Jurnal Bioedukasi 1 (1), 59-68.

Song, X. Q., Meng, Q. W., Wing, Y. T. & Luo, Y. B. (2009). Thrixspermum odora-tum (Orchidaceae), a New Species from Hainan Island, China. Ann. Bot. Fennici, 46, 595-598.

Teoh, E. S. (2016). Medicinal Orchids of Asia. Switzerland. Springer International Publishing.

Wulanesa, W. O. S., Soegianto, A. & Basuki, N. (2017). Eksplorasi dan Karakterisasi Anggrek Epifit di Hutan Coban Trisula Kawasan Taman Nasional Bromo Teng-ger Semeru. Jurnal Produksi Tanaman, 5 (1), 125-131.

Downloads

Published

30-11-2018

How to Cite

Rohimah, S., Mukarramah, L., Sindiya, V., S., V. Y., K., G. A., & Su’udi, M. (2018). Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico. Jurnal Biodjati, 3(2), 148–156. https://doi.org/10.15575/biodjati.v3i2.3409

Issue

Vol. 3 No. 2 (2018): November

Section

Articles

Citation Check

License

Copyright and Attribution:

Copyright of published in Jurnal Biodjati is held by the journal under Creative Commons Attribution (CC-BY-NC-ND) copyright. The journal lets others distribute and copy the article, create extracts, abstracts, and other revised versions, adaptations or derivative works of or from an article (such as an tranlation), include in collective works (such as an anrhology), text or data mine the article, as long as they credit the author(s), do not represent the author as endorsing their adaptation of the article and do not modify the article in such a way as to damage the author's honor or reputation.

Permissions:

Authors wishing to include figures, tables, or text passages that have already been published elsewhere and by other authors are required to obtain permission from the copyright owner(s) for both the print and online format and to include evidence that such permission has been granted when submitting their papers. Any material received without such evidence will be assumed to originate of one of the authors.

Ethical matters:

Experiments with animals or involving human patients must have had prior approval from the appropriate ethics committee. A statement to this effect should be provided within the text at the appropriate place. Experiments involving plants or microorganisms taken from countries other than the authors own must have had the correct authorization for this exportation.