Identifikasi Spesies Isolat Bakteri K2Br5 dari Tanah Karst dengan Sistem Kekerabatan Melalui Analisis Urutan Nukleotida Gen 16S rRNA

Authors

  • Tina Dewi Rosahdi Jurusan Kimia, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Sunan Gunung Djati Bandung, Indonesia
  • Nurul Tafiani Jurusan Kimia, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Sunan Gunung Djati Bandung, Indonesia
  • Anggita Rahmi Hafsari Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Sunan Gunung Djati Bandung, Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.15575/ak.v5i2.3836

Keywords:

Biokimia

Abstract

Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Setiap bakteri memiliki jenis yang berbeda-beda. Perlu adanya identifikasi untuk mengetahui suatu jenis bakteri sehingga dapat dimanfaatkan secara maksimal. Identifikasi bakteri dapat dilakukan secara fenotip maupun genotip. Namun, identifikasi secara fenotip memiliki kelemahan yakni sering terjadi kesalahan dalam membedakan spesies dan galur bakteri. Tujuan dari penelitian yang dilakukan adalah untuk menentukan spesies bakteri dengan kode K2Br5 yang telah diisolasi dari kawasan tanah Karst. Pada penelitian ini dilakukan analisis secara genotip dengan mengisolasi DNA kromosom dari bakteri Bacillus sp. K2Br5 yang kemudian dilakukan proses amplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer universal BactF1 maju dan UniB1 mundur untuk memperoleh fragmen gen 16s rRNA. Fragmen gen yang diperoleh selanjutnya disekuensing untuk mengetahui urutan nukleotide. Hasil analisis urutan nukleotida gen 16s rRNA menunjukkan bahwa bakteri Bacillus sp. K2Br5 memiliki kemungkinan berkerabat dengan Paraclostridium bifermentans atau dikenal juga dengan nama Bacillus bifermentas.

References

JM Berg, JL Tymoczko, and L Stryer, Molecular Cell Biology.: WH Freeman, 2002.

J Pelezar and E.C.S Chan, Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta: Universitas Indonesia Press, 2008.

D Suryanto, "Mengenal Lintasan aerobik degradasi senyawa hidrokarbon aromatik monosiklik mikroorganisme," Wartauniversitaria, no. 18, pp. 92-94, 2004.

G.I Barrow and Feltham R.K.A, Cowan and Steel's Manual for The Identification of Medical Bacteria. Cambridge: University Press, 1993.

Seftia Maulani, "Isolasi dan Identifikasi Bakteri pada Tanah Rhizosfer di Kawasan Karst Citatah Kabupaten Bandung Barat Serta Aplikasinya pada Perkecambahan Tanaman Cabai Merah (Capsicum annum L.)," Bandung, 2015.

Nurhayati, Betty Sri Laksmi Jenie, Harsi D Kusumaningrum, and Sri Widowati, "Identifikasi Fenotipik dan Genotipik Bakteri Asam Laktat asal Fermentasi Spontan Pisang var. Agung Semeru (Musa paradisiaca formatypica)," 2011.

Thoyibatun Nuroniyah and Surya Rosa Putra, "Identifikasi spesies isolat bakteri S1 dengan metode analisa sekuen fragmen gen 16s rDNA," Jurnal Teknik POMITS, vol. 1, pp. 1-6, 2012.

G Acinas Silvia, A Marcelino Luisa, F Polz Martin, and Klepac-ceraj Vanja, "Divergence and Redundancy of 16S rRNA Sequences in Genomes with Multiple rrn Operons," 2004.

Oren A, Prokaryote diversity and taxonomy: current status and future challenges.: Philosophical Transactions of the Royal Society, 2004.

J Hodgkin, "Genome Size," in Encyclopedia of Genetics., 2001, p. 865.

JE Clarridge, Impact of 16S rRNA Gene Sequence Analysis for Identification of Bacteria on Clinical Microbiology and Infectious Diseases.: Clin. Microbiol. Rev., 2004.

Qureshi et al., "The Cry Toxin Operon of Clostridium bifermentans subsp. malaysia Is Highly Toxic to Aedes Larval Mosquitoes," Applied and Environmental Microbiology, 2014.

RF Wang, WW Cao , and CE.Cerniglia , "PCR Detection and Quantification of Predominant Anaerobic Bacteria in Human and Animal Fecal Samples," J. Appl. & Envi. Microbiol, pp. 1242-1247, 1996.

L.D.S Smith, The Phatogenic Anaerobic Bacteria. USA: Thomas Publisher, 1975.

Downloads

Published

2019-01-30

Issue

Vol. 5 No. 2 (2018): al Kimiya: Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan

Section

Articles

Citation Check

License

Authors who publish with this journal agree to the following terms:

  1. Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License that allows others to share the work with an acknowledgment of the work's authorship and initial publication in this journal.
  2. Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgment of its initial publication in this journal.
  3. Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).